Фамилия Дудуния — яркий пример грузинской фамильной модели, которая почти не встречается у других народов. Её выдает суффикс -ия (в старых формах -иа), характерный для западных регионов Грузии: Имеретии, Гурии, Мегрелии. Такие фамилии обычно указывают на происхождение рода из этих мест, причем суффикс -ия часто стоит в одном ряду с мегрельским -иа или -ава.

Основа фамилии — «дуду» — скорее всего, восходит к грузинскому слову «дуду» (დუდუ) или «дуда» (დუდა). В грузинском языке это слово имеет два основных значения: «колыбель» и, в переносном смысле, «малыш», «младенец». Изначально «дуду» могло быть ласковым домашним прозвищем для младшего ребенка в семье или же именем, данным по оберегу — чтобы ребенок рос здоровым. В некоторых диалектах «дуду» также обозначает нечто маленькое, округлое, что могло стать прозвищем по внешности.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — тюркское влияние. В языках соседних народов (например, в азербайджанском) «дуду» означает «свирель», «дудка». Однако для грузинской фамилии с суффиксом -ия это объяснение выглядит натянутым: прозвища по музыкальным инструментам в Грузии тоже встречаются, но обычно оформляются иначе, без этого суффикса.

Таким образом, предок носителя фамилии Дудуния, скорее всего, был выходцем из Западной Грузии, а его прозвище или уменьшительное имя означало «малыш» или «любимчик». Фамилия эта нечастая, и её носители, вероятнее всего, принадлежали к крестьянскому или городскому сословию — дворянских родов с такой фамилией в исторических списках Грузии не зафиксировано.