Фамилия Дудуня — редкая и необычная по звучанию. Её основа, вероятнее всего, связана с южнославянскими или украинскими диалектами, где слово «дудун» или «дудуня» могло означать нечто пухлое, надутое, толстощёкое. В болгарском и сербском языках «дудуня» — это детское или ласковое название индюка или индюшки, а также прозвище для полного, важного человека, который ходит надутым. Таким образом, фамилия могла возникнуть как прозвище по внешнему виду или характеру — например, так могли назвать медлительного, грузного или самодовольного человека.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её нетипичный для русского языка суффикс. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь мы видим суффикс -я, который в украинской и южнорусской традиции мог оформлять прозвища, а затем фамилии без дополнительного патронимического суффикса. То есть фамилия Дудуня могла остаться в «чистом» виде прозвища, без добавления родового окончания. В таком случае её носитель — потомок человека, которого в деревне звали просто Дудуня.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Она встречается в исторических записях на территории современной Украины, особенно в Подолье и на Волыни, а также среди казачества. В русских переписных книгах фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её локальный, диалектный характер. Встречаются варианты написания — Дудун, Дудунко, Дудуненко, — которые образованы от того же корня, но по более типичным моделям.

Споров о происхождении корня почти нет: версия с «индюком» и «толстяком» — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативное объяснение — от тюркского «дудун» (чиновник, сборщик податей) — маловероятно, так как такая фамилия почти не встречается в тюркоязычных регионах. Поэтому предки современных Дудунь с высокой долей вероятности были крестьянами или казаками южных губерний, получившими своё прозвище за внешность или повадки.