Фамилия Дудушкины — одна из тех, что образована от личного прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «дуда» — старинное название народного музыкального инструмента, трубы или дудки. На дуде чаще всего играли пастухи, и прозвище Дудушка мог получить либо сам пастух, либо мастер, делавший такие инструменты из подручных материалов: бузинной трости, камыша, тростника или снятой весной коры с ивового прута.

Однако это не единственная версия. В русских говорах существовал глагол «дудить» — «пить много, не переводя духу, через край». Если прозвище Дудушка закрепилось за человеком с такой привычкой, фамилия указывала бы на его бытовую черту, а не на ремесло. Вторую версию — связь с армянским дудуком из абрикосового дерева — ономасты считают маловероятной для исконно русской фамилии, хотя она и появляется в любительских толкованиях.

Сама модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Дудушки). В официальных документах фамилия закрепилась в форме Дудушкин, а во множественном числе — Дудушкины — её обычно употребляют, говоря о роде в целом. Точное место и время возникновения фамилии не установлены: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, и прозвище могло появиться в любой крестьянской или ремесленной среде.