Фамилия Дудушкин образована от прозвища Дудушка. Его основа — слово «дуда», старинное название народного музыкального инструмента, трубы. Чаще всего на дуде играли пастухи, поэтому первая и наиболее вероятная версия: родоначальник Дудушкиных либо сам был пастухом-дударём, либо занимался изготовлением дуд из подручных материалов — бузинной трости, камыша, тростника, или из снятой ранней весной коры ивового прута. Модель типична для русских фамилий: прозвище на -а/-я (Дудушка) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Дудушки).

Есть и другая версия, связанная с диалектным глаголом «дудить» — пить много, залпом, без передышки (чаще о нехмельном напитке). В этом случае прозвище Дудушка могло отражать привычку или манеру питья предка. Такие «бытовые» прозвища по поведению — распространённый источник русских фамилий.

Иногда фамилию связывают с армянским инструментом дудук. Однако эта гипотеза маловероятна: во-первых, суффикс -ушк- нехарактерен для заимствований из армянского в русскую прозвищную систему, во-вторых, фамилия Дудушкин органично вписывается в ряд русских фамилий от названий музыкальных инструментов (Дудкин, Гудков, Свиридов). Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, что тоже согласуется с пастушеским промыслом.