Фамилия Дунье звучит на французский лад, но её происхождение иное — это еврейская фамилия, распространённая в западной Литве, в районе Шауляя. Там же бытуют похожие фамилии: Брасье, Дамье, Фабье, Медалье, Остилье, Редалье. Все они образованы по одной модели: к основе женского имени на идише добавляли окончание -е, а затем — фамильный суффикс, передающий принадлежность или связь.

Основа фамилии Дунье — женское имя Дунье на идише. Это имя — аналог русского имени Евдокия, которое имеет греческие корни и переводится как «превосходная, милая». Еврейское имя Дунье, вероятно, возникло как заимствование у славян-христиан, но прижилось потому, что звучало похоже на традиционное еврейское имя Дина.

Таким образом, фамилия Дунье — это отчество от женского имени, которое когда-то носила мать или бабушка родоначальника. Такая модель образования фамилий — от женских имён — встречается у евреев Ашкеназа, особенно в тех регионах, где фамилии начали фиксировать относительно поздно, в XIX веке. Географическая привязка к Шауляю и окрестностям указывает на то, что предки носителей фамилии жили на стыке литовских и еврейских культурных традиций.