Фамилия Дуньо — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно нерусская по модели: в русском языке нет суффикса -ьо, а окончание -о в фамилиях обычно указывает на украинское, белорусское или польское происхождение (как у фамилий Шевченко, Коваленко). Но Дуньо — не украинская и не белорусская форма: там скорее было бы Дунь, Дунько или Дуненко. Самое вероятное — что фамилия пришла с Балкан, из сербского, хорватского или словенского ареала, где окончание -о в фамилиях — норма (например, Павло, Милошевич сокращённо).

Основа фамилии — сокращённая форма от имени Дуньо, которое в южнославянских языках является домашним вариантом от Доминик или Дуйе (народная форма от Дуйо, Джуро — Георгий). В Хорватии и Боснии имя Дуньо (Dunjo) встречается как самостоятельное, но чаще как уменьшительное. Соответственно, фамилия Дуньо могла означать «сын Дуни» или просто «маленький Дуня» — не в русском, а в балканском понимании.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая — связь с венгерским словом «dunyha» (пуховик, перина). Если предок был торговцем пухом или постельными принадлежностями, его могли прозвать Дуня (по-венгерски Dunya), а на русской почве это превратилось в Дуньо. Но венгерские фамилии на -о редки, и для России это экзотика.

В России фамилия Дуньо встречается единично, в основном на юге — в Краснодарском крае и Ростовской области, куда в XIX–XX веках переселялись сербы и хорваты, а также потомки балканских беженцев. Носители фамилии, скорее всего, не имеют отношения к русскому слову «дуня» (груша) или имени Дуня (Авдотья) — это случайное звуковое совпадение.

Таким образом, Дуньо — это балканская фамилия, образованная от личного имени-прозвища, с большой вероятностью указывающая на хорватское или сербское происхождение предка.