Фамилия Дунио — редкий случай, когда на одну основу накладываются сразу несколько возможных объяснений, и ни одно из них не выглядит натянутым. Самая географически конкретная версия связывает фамилию с топонимом Дунье (встречаются варианты Дуние, Дуния) — населённым пунктом в бывшей Ковенской губернии. Прозвище Дунио могли дать человеку, который оттуда вышел, и это типичная модель для фамилий, указывающих на место прежнего жительства.

Однако корень может быть и личным именем. Дунио — уменьшительная форма от Даниила (в переводе с древнееврейского «Бог — мой судья»). Такие стяжённые варианты (Дуня, Дуняша, Дунио) в русской и украинской традиции не редкость, хотя суффикс -ио для славянского уха нехарактерен. Здесь, скорее всего, сыграла роль польская или литовская огласовка: в тех же землях Ковенской губернии имя Даниил через польское Daniel могло дать форму Danił, от которой Дунио — естественное уменьшение.

Третья гипотеза выводит фамилию из арабского «дуниа» — «мир, вселенная». Это объяснение слабее: чтобы арабское слово стало прозвищем, нужен либо контакт с восточными культурами (например, через татарскую среду), либо редкое монашеское имя. Для Ковенской губернии, где преобладали католики и православные, арабский след маловероятен, но полностью исключать его нельзя — фамилия могла мигрировать вместе с носителем.

В любом случае, фамилия указывает на западный, литовско-белорусский ареал. Словообразовательная модель проста: основа (топоним или имя) + окончание -о, которое в этой зоне часто сохраняло прозвищную форму без типичных русских суффиксов -ов/-ев. Поэтому Дунио — это не усечённая фамилия, а исходное прозвище, которое так и закрепилось в документах.