Фамилия Дуник чаще всего объясняется как производная от женского имени Авдотья — народной формы греческого имени Евдокия, которое переводится как «превосходная» или «милая». В этой версии суффикс -ик указывает на украинское происхождение фамилии: на территории Украины и юга России отчества и фамилии нередко образовывали именно с этим суффиксом, а не с привычным -ов или -ин. Таким образом, Дуник — это, по сути, «сын Авдотьи» или «человек, имеющий отношение к Авдотье».

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Прозвище Дуня в старину могло относиться к дыне. Так могли назвать хозяина бахчи, огородника или продавца дынь на рынке. Если принять эту гипотезу, то фамилия Дуник — потомок человека, который либо выращивал, либо торговал бахчевыми культурами. Эта версия менее распространена, но вполне правдоподобна, учитывая, что прозвища по роду занятий давали часто, а суффикс -ик закреплял прозвище за потомками.

Географически фамилия тяготеет к южным областям бывшей Российской империи. В Книге памяти Республики Карелия упоминается Дуник Семен Кириллович, родившийся в 1903 году в селе Кирово Одесской области — это косвенно подтверждает украинские корни фамилии. Выбор между двумя версиями — имени и прозвища — остаётся открытым, но первая (от имени Авдотья) выглядит более типичной для массового образования фамилий, тогда как вторая (от прозвища Дуня-дыня) более редкая и колоритная.