Фамилия Дустина — довольно редкая и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ин, который в русской модели типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я (женских имён, прозвищ или названий профессий). Это означает, что в основе лежит слово «Дуста» — имя, прозвище или, что менее вероятно, искажённое название ремесла.

Самая правдоподобная версия отсылает к диалектному слову «дуст» или «дуста». В южнорусских и украинских говорах «дустом» называли мелкий песок, пыль, а иногда и муку грубого помола. Прозвище Дуста могли дать либо человеку, работающему с сыпучими материалами (мельнику, пекарю, строителю), либо, с отрицательным оттенком, неопрятному, «пыльному» человеку. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия могла возникнуть в районах с развитым мукомольным делом или на песчаных почвах.

Вторая, менее очевидная версия — связь с тюркскими языками, где «дуст» (дост) означает «друг». В таком случае фамилия могла быть образована от прозвища, данного приезжему из татарской или башкирской среды. Однако для русского уха форма «Дустина» звучит как типичная «матронимическая» фамилия (от женского имени), что делает тюркскую версию менее вероятной без документальных подтверждений.

Словообразовательно фамилия проста: корень «дуст-», суффикс «-ин» и окончание «-а». Это указывает на то, что родоначальником был человек по прозвищу Дуста. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, распространённая в южных областях России и на Украине. Встречаемость её крайне низкая, что делает каждую ветвь носителей уникальной и, вероятно, связанной с одной локальной группой предков.