Фамилия Дужаков — отчество второго порядка, образованное от прозвища Дужак через отчество Дужакова (сын Дужака). В самом прозвище просвечивает украинское прилагательное «дужий» — «сильный, крепкий, могучий». Так на юго-западе России называли рослого, плотного мужчину с твердым характером, упорного и настойчивого. Не исключено, что прозвище Дужак носил человек с большим влиянием на окружающих — своего рода местный «силач» или вожак.

Менее очевидная, но любопытная параллель — тувинское слово «дужак», означающее «путы для животного». Если прозвище возникло из этого корня, то его носителем мог быть охотник или пастух, умевший обращаться с конскими путами. Впрочем, эта версия менее вероятна: фамилия Дужаков по географии бытования тяготеет к южнорусским и украинским областям, где тюркские заимствования встречаются, но тувинская лексика — редкость.

Суффикс -ак в основе Дужак — типичный для украинских прозвищ, образованных от качественных прилагательных (ср. Глушак от «глухой», Худяк от «худой»). Он придаёт слову оттенок разговорности и характерности: Дужак — тот, кто обладает качеством «дужий» в высокой степени. Фамилии на -аков — вроде Дужаков, Худяков, Глушаков — одна из самых распространённых моделей в русском ономастиконе, особенно среди бывших крестьян и казачества.