Фамилия Двойнина — женская форма, которая в русской традиции образована от мужской фамилии Двойнин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант.

Основа фамилии — «двойн-». Слово «двойной» в старину могло означать что-то сдвоенное, удвоенное, либо человека, который родился двойней. В русской ономастике фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ, указывающих на родственную связь: так же, как Тройнин, Четвернин или Близнин. Двойнин — это «сын двойни», то есть ребёнок, родившийся в паре близнецов. Прозвище Двойня или Двойной могли дать одному из двойняшек, чтобы отличать его от брата или сестры в быту.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с ремеслом. В некоторых диалектах «двойник» или «двойной» могло обозначать мастера, который делал сдвоенные предметы (например, двойные топоры, вилы или прялки). Однако для фамилии Двойнин эта гипотеза слабее: суффикс -ин чаще указывает на принадлежность к лицу, а не к инструменту.

Примечательная деталь: фамилия Двойнин (и её женская форма Двойнина) встречается не повсеместно, а имеет заметный «сгусток» в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Нижегородской губерниях. В этих регионах были сильны традиции прозвищ по родству, и двойни рождались чаще, чем в среднем по стране — из-за особенностей питания и быта.

Словообразовательная модель простая: корень «двой-», суффикс «-н-» (как в прилагательном «двойной») и фамильный суффикс «-ин». Ударение в фамилии Двойнина, скорее всего, падает на первый слог: Двóйнина, хотя в некоторых говорах могли ставить на второй — Двойнúна. В современных документах встречаются оба варианта, но первый литературный.

В итоге: предок носителя фамилии Двойнин — человек, который либо сам был близнецом, либо его так прозвали в отличие от брата-двойняшки. Фамилия простая, но редкая, и её география говорит о крестьянском происхождении — без дворянских корней, зато с живой связью с деревенским бытом.