Основой фамилии Двойнин послужило мирское имя Двойня. Скорее всего, фамилия Двойнин образована от мирского имени Двойня, которое получил второй ребенок в семье. Имена, указывающие на то, каким по счету в семье родился ребенок, были очень популярны на Руси. К числу подобных именований относится и имя Двойня. Однако не исключено, что так назвали одного из мальчиков-близнецов. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище Двойня, восходящее к глаголу «двоить», у которого было несколько значений. Однако не исключено, что Двойней называли человека, который был внешне очень сильно на кого-то похож. Веселовского записан Двойнин Миленя, 1638 год, Каргополь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Двойня, со временем получил фамилию Двойнин. Так, в Книге памяти Свердловской области записан Двойнин Василий Васильевич, который родился в 1895 году (Воронежская обл., Заметчинский р-н, с. Малый Ижмор). А в архивах пензенского общества «Мемориал» отмечен Двойнин Василий Никифорович, рожденный в 1872 году там же.