Фамилия Дюдиков образована по типичной для русского севера и северо-востока модели: основа на мягкий согласный плюс суффикс -ов. В центральных и южных регионах такое имя скорее превратилось бы в Дюдин, а здесь приращение -ов оказалось устойчивее. Сама основа — Дюдик — это не полное имя, а производная форма от крестильного имени Дюдя, которое, в свою очередь, является народным вариантом церковного Димитрий (в просторечии — Дмитрий). Уменьшительный суффикс -ик в данном случае не столько уменьшал, сколько указывал на принадлежность к младшему поколению: Дюдик — сын Дюди.

Вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований, связывает фамилию с прозвищем Дюдя. В северных говорах «дюдя» — человек маленького роста, коротышка, недомерок. Слово родственно диалектному «дюжий» (сильный, крупный), но в данном случае оно приобрело противоположное значение. Тогда Дюдиков — потомок того, кого прозвали Дюдей за малорослость.

Географически фамилия привязана к Вологодчине и Архангельской области. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Дюдя, особенно в Устюжском и Тотемском уездах. Дворянами Дюдиковы не были — фамилия крестьянская, посадская, из среды свободных земледельцев и ремесленников русского Севера, где фамилии закрепились раньше, чем в центральных губерниях, уже к концу XVII столетия.

Интересна параллель с однокоренной фамилией Дюдин. Если Дюдин — прямой патроним (сын Дюди), то Дюдиков — патроним с двойным суффиксом, указывающий на внука или на более отдалённое родство. Такие формы характерны для северорусской антропонимии, где фамилии часто образовывались от уменьшительных форм имён, а не от полных.