Фамилия Дюдькова звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не церковное имя, а прозвище или искажённое слово. Самый вероятный источник — диалектное слово «дюдя» или «дюдька». В некоторых говорах русского севера и Сибири так называли деда, старика, а иногда и просто пожилого мужчину. Слово это, в свою очередь, могло быть детским лепетным вариантом от «дед» или заимствованием из финно-угорских языков, где похожие корни означают «отец» или «старейшина». Таким образом, прозвище Дюдя мог получить либо пожилой человек, либо тот, кто выглядел старше своих лет, либо глава большого семейства.

Вторую, менее очевидную версию стоит рассматривать, если фамилия встречается в южных регионах. Там «дюдя» или «дюдька» — возможное искажение тюркского слова «дюдюк» (свирель, дудка). В этом случае прозвище могло закрепиться за музыкантом, пастухом, игравшим на дудке, или за человеком с тонким, свистящим голосом. Однако эта версия слабее, так как переход «дюдюк» в «Дюдька» требует дополнительных фонетических изменений.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Дюдьк» (от «Дюдька») добавили суффикс принадлежности -ов, а затем — женское окончание -а. Мужской вариант — Дюдьков. Это типичная «патронимическая» или «прозвищная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Дюдьки, внук Дюдьки. Фамилия редкая, её география неширокая, но если она встречается, то почти наверняка указывает на корни в северных или центральных губерниях России, где слово «дюдя» бытовало в речи. Дворянского происхождения у неё нет — это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвище было естественной частью быта.