Фамилия Дюнина — это отчество, образованное от прозвища Дюна. В основе лежит слово «дюны» — песчаные холмы, которые ветер гоняет по низким берегам морей, рек и озёр. Прямое значение прозвища — указание на место жительства: скорее всего, первый носитель жил на песчаном берегу или в местности, где такие холмы были характерной приметой ландшафта.

Но есть и вторая, менее очевидная версия. Дюны — это не только неподвижный пейзаж, но и постоянно меняющиеся, «бегущие» формы. Поэтому прозвище Дюна могли дать человеку подвижному, непоседливому или тому, у кого резко и часто менялось настроение — как ветер меняет очертания песчаных холмов.

Словообразовательная модель проста: к основе Дюн- добавился суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Дюнин, то есть сын или потомок Дюны). Такая модель типична для северных и центральных областей России, где отчества на -ин образовывали от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я.

В ономастике эта фамилия нечастая, и её редкость — дополнительная подсказка: прозвище Дюна не было массовым, а значит, привязка к конкретной местности (например, к песчаным берегам северных рек или побережью Балтики) выглядит правдоподобнее, чем абстрактная характеристика характера. Географическая версия здесь сильнее.