Фамилия Дюяконов — один из тех редких случаев, когда написание и произношение разошлись настолько, что скрыли первоначальный смысл. На слух она кажется иноязычной или искусственной, но на деле это чисто русская фамилия, образованная от церковного чина. Её основа — слово «дьякон» (церковнослужитель низшей степени священства). Однако в разговорной речи, особенно в северных и сибирских говорах, первый слог часто редуцировался или переставлялся: «дяк», «дьяк», а в фамилиях встречается и форма «Дюяконов» — результат диалектного произношения, где «дья» превратилось в «дюя». По сути, это тот же самый «Дьяконов», но записанный так, как слышали писцы или переписчики в XIX веке.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий: «чей?» — сын Дьякона, то есть потомок человека, носившего прозвище Дьякон. Прозвище это могло принадлежать как самому церковнослужителю, так и его работнику или крестьянину, который жил при дьяконе или чем-то напоминал его (например, важной походкой или любовью к чтению). В крестьянской среде прозвища по должностям духовенства давали нередко — не по факту службы, а по внешнему сходству или иронии.

Географически фамилия Дюяконов встречается крайне редко, её очаги — в основном в Поволжье и на Русском Севере, где диалектное произношение было особенно сильным. В официальных метрических книгах XVIII–XIX веков такую фамилию могли записать и как «Дьяконов», и как «Дияконов», и как «Дюяконов» — в зависимости от грамотности писаря. Поэтому, если искать предков, стоит учитывать все варианты написания, особенно «Дьяконов» и «Дияконов».

В отличие от фамилий на -ский (дьяконский), которые чаще указывали на принадлежность к церковной земле или приходу, Дюяконов — типичная «отцовская» фамилия, закрепившаяся за одним родом. Дворянского происхождения она не имела: носители Дюяконовых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами.