Фамилия Дьяконов — одна из тех, что прямо указывает на род занятий предка. В основе лежит церковный чин: дьякон (из греческого diakonos — «служитель») — первая, низшая степень священства, помощник священника при богослужении. В отличие от фамилий, образованных от мирских прозвищ или крестильных имён, здесь связь с профессией прозрачна: предок носителя фамилии либо сам состоял в этом чине, либо получил прозвище Дьякон за сходство с ним — например, за степенный нрав или манеру поведения.

Христианское предание относит возникновение дьяконского служения к первым годам иерусалимской церкви. В обязанности дьяконов входило не только участие в службе, но и наблюдение за порядком в храме, контроль за нравами прихожан, распоряжение церковным имуществом и раздача милостыни. Они были посредниками между епископом и паствой, за что их называли «ангелами и пророками епископа». Так что прозвище Дьякон могло закрепиться за человеком, который брал на себя роль распорядителя или наставника в общине.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Дьякон добавили русский суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Буквально Дьяконов — «сын Дьякона». Такая модель в XVI–XVII веках стала господствующей для фамилий духовенства, крестьян и служилых людей, хотя в среде священнослужителей чаще встречались фамилии на -ский (Дьяконовский). Тем не менее Дьяконов — не редкий случай, когда церковный чин дал фамилию без дополнительной книжной обработки.

В исторических документах фамилия фиксируется с XVII века. Известен дворянский род Дьяконовых, владевший имениями в Касимовском уезде Рязанской губернии. Но фамилия не была исключительно дворянской: в архивах упоминаются Сергей Тимофеевич Дьяконов — дьякон села Волосты Юхновского уезда Смоленской губернии, а также Никита Дьяконов, муромский купец. То есть носители фамилии встречались в разных сословиях — от духовенства до купечества.

Самый известный носитель фамилии — Игорь Михайлович Дьяконов (1915–1999), крупнейший российский востоковед, историк, специалист по шумерскому языку и древним письменностям. Его работы по теоретической истории и переводам древних текстов до сих пор остаются фундаментальными. Фамилия, означавшая когда-то «служитель», в его случае обернулась служением науке — пусть и совсем другого рода.