Фамилия Дьякконов — один из тех редких случаев в русской ономастике, где написание выдаёт историю громче, чем произношение. Двойное «к» в корне — не опечатка и не позднее искажение, а прямой след церковнославянской книжной традиции. В то время как массовая фамилия Дьяконов писалась через одно «к» и шла от разговорного слова «дьяк» или «дьякон», форма Дьякконов с удвоением указывает на происхождение непосредственно от греческого διάκονος (diakonos) — «служитель». Такое написание встречалось в среде духовенства и в старообрядческой среде, где грамотность и приверженность букве были особенно высоки.

Основа фамилии — сан диакона, низшей ступени священства в православной церкви. В отличие от фамилий, образованных от мирских прозвищ (Столяров, Кузнецов), Дьякконов почти наверняка указывает не на род занятий предка, а на его духовный статус. Чаще всего такие фамилии получали дети причетников и дьяконов в семинариях, когда запись в метрику требовала отделить их от многочисленных однофамильцев-крестьян. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «сын дьяккона».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где было сильно влияние старообрядчества, а также к территориям бывшей Новгородской земли. Встречается она значительно реже, чем Дьяконов: по переписям XIX века на сотню Дьяконовых приходился, возможно, один Дьякконов. Это делает её не просто профессиональной, а социально маркированной — носитель фамилии происходил из грамотной, часто книжной среды, возможно, из потомственных церковнослужителей, где написание фамилии берегли как родовую печать.