Фамилия Дьяконова — одна из тех, что прямо указывает на род занятий или положение предка. В её основе лежит слово «дьякон» (церковнославянская форма греческого diakonos — «служитель»). Так в христианстве называли священнослужителя низшей, первой степени — помощника священника при богослужении.

Слово «диакон» впервые встречается ещё в Посланиях апостола Павла, а христианское предание относит возникновение этого служения к первым годам иерусалимской церкви. В древности обязанности дьякона были шире, чем сейчас: он следил за порядком в храме, наблюдал за поведением прихожан, распоряжался церковным имуществом, раздавал милостыню и заботился о сиротах с вдовами. Дьякон был посредником между епископом и паствой, за что его называли «ангелом и пророком епископа».

Поэтому логично предположить, что основатель рода Дьяконовых либо сам состоял в этом чине, либо получил прозвище Дьякон за сходство с ним по поведению или образу жизни. Фамилия образовалась по стандартной модели: к основе добавили суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую форму (или принадлежность к роду в целом, если речь о современной фамилии).

В исторических документах фамилия встречается в разных сословиях. Известен дворянский род Дьяконовых, владевший имениями в Касимовском уезде Рязанской губернии. Но были и другие носители: в архивах упоминается дьякон Сергей Тимофеевич Дьяконов из села Волосты Юхновского уезда Смоленской губернии; муромский купец Никита Дьяконов; богослов и славянист Александр Григорьевич Дьяконов (1860–1886). Самый известный однофамилец — Игорь Михайлович Дьяконов (1915–1999), крупнейший российский востоковед, историк Древнего Востока и специалист по шумерскому языку.