Фамилия Дьяконовы образована от прозвища или мирского имени Дьякон. В основе — церковный чин диакона (от греческого diakonos — «служитель»). Это низшая ступень священства: дьякон не совершает таинств самостоятельно, а помогает священнику при богослужении. В ранней христианской церкви на дьяконов ложилась и хозяйственная нагрузка: они распоряжались имуществом, раздавали милостыню, приглядывали за порядком в храме и нравами прихожан. Поэтому в источниках их нередко называли «ангелами и пророками епископа» — как посредников между архиереем и паствой.

Слово «дьякон» в древнерусском языке закрепилось в двух формах: книжной («диакон») и народной, с заменой первого «и» на «ь» и последующим упрощением. Фамилия пошла именно от разговорного варианта. Суффикс -ов указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — «Дьяконов», то есть сын или потомок дьякона. Ударение в фамилии чаще всего падает на первый слог, что тоже говорит о её давнем бытовании в крестьянской и мещанской среде, где ударение смещали на корень.

Вопреки стереотипу, что носители фамилии обязательно происходят из духовного сословия, это не всегда так. Прозвище Дьякон могли дать и мирянину — за серьёзный нрав, любовь к нравоучениям или просто за службу в церковном хоре. Однако документальные свидетельства подтверждают, что многие Дьяконовы действительно были связаны с клиром. В архивах упоминается Сергей Тимофеевич Дьяконов — дьякон села Волосты Юхновского уезда Смоленской губернии. Известен и дворянский род Дьяконовых, владевший имениями в Касимовском уезде Рязанской губернии. При этом встречаются и купцы: в Муроме жил Никита Дьяконов.

Среди носителей фамилии немало заметных фигур. Александр Григорьевич Дьяконов (1860–1886) — богослов и славист, успевший оставить след в науке, несмотря на раннюю смерть. Самый известный в XX веке — Игорь Михайлович Дьяконов (1915–1999), востоковед-шумеролог и историк Древнего Востока, чьи труды по теоретической истории до сих пор вызывают споры. Это редкий случай, когда фамилия, корнями уходящая в церковную среду, стала широко известна благодаря светскому учёному-атеисту.

Фамилия Дьяконовы — не единообразна. Встречаются варианты Дьяконов (наиболее частый), Дьяконовы (как указание на род в целом) и даже Дьяконский — с польским или украинским оттенком. Но все они восходят к одному корню и одному социальному институту — низшему чину священства, который в русской деревне был одновременно и духовным наставником, и грамотеем, и часто единственным посредником между крестьянами и церковной властью.