Фамилия Дяконов — один из ярких примеров того, как церковная должность превратилась в родовое имя. В основе лежит слово «дякон» — старая, народная форма слова «дьякон» (церковнослужитель, помощник священника). В русских говорах звук «дь» часто смягчался до «д», а безударное «я» закреплялось на письме, отсюда и написание через «я». Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей сын?» — «Дяконов», то есть сын дьякона.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не только у потомков реального церковнослужителя. В крестьянской среде прозвище Дякон давали грамотному человеку, который читал псалтырь по покойникам или помогал в церкви, даже если он не имел официального сана. Иногда так называли нарочито серьёзного, набожного или, наоборот, любившего поучать мужика — прозвище часто давалось с долей иронии.

С точки зрения географии, фамилия Дяконов — преимущественно северная и центральная. По данным переписей XIX века, она была заметно распространена в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где старые говоры дольше сохраняли произношение «дякон» вместо литературного «дьякон». В южных и западных регионах России чаще встречался вариант Дьяконов — с твёрдым знаком и «ья».

В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века. Например, в переписных книгах Великого Устюга упоминается крестьянин Ивашко Дяконов (1623 год). Это говорит о том, что фамилия сформировалась довольно рано, ещё до церковной реформы Никона, когда написание слова «дьякон» не было строго унифицировано.

Стоит различать Дяконова и однокоренные фамилии Дьяконов, Дьячков, Дьяков. Дьячков — от «дьячок» (церковный служитель низшего ранга), а Дьяков — от «дьяк» (писец, чиновник). Дяконов же стоит особняком: он указывает именно на дьяконский чин или его народное переосмысление, а не на канцелярскую должность.