Фамилия Дзахоев — осетинская, и её история, как у многих горских фамилий, привязана к конкретному роду, ущелью и даже одному человеку. Родоначальником считается Дзахо, который жил в Куртатинском ущелье, в селении Далагкау. По рассказам старожилов, у Дзахо была большая семья, он воспитал много сыновей и дочерей. Сыновья занимались охотой и скотоводством, но в горах остро не хватало земли. Два старших сына Дзахо решили переселиться — место для нового жилья они присмотрели во время одной из охот. Так они обосновались на территории нынешней Южной Осетии, в ущелье, которое назвали «Кæсагджын ком» — «рыбное ущелье» (от обилия рыбы в горной речке). Это недалеко от будущего шахтерского поселка Квайса. Там были и речка, и пастбища, и лес. Братья построили дом, развели скот, начали осваивать землю. Один из братьев вскоре умер, а второй женился на местной девушке и создал большую семью. Со временем его потомки образовали в этом ущелье целое селение Дзахоевых.

С точки зрения словообразования, фамилия построена по самой распространённой осетинской модели: к имени или прозвищу Дзахо добавляется русский патронимический суффикс -ев (через притяжательное прилагательное). В осетинской традиции фамилия звучала бы как Дзахоты (Дзæхойтæ), что значит «принадлежащие Дзахо».

Интересно, что Дзахоев часто рассматривают как фонетический вариант более известной осетинской фамилии Дзагоев (Зæгъойты). В таком случае корень меняется, и появляются другие версии значения. Прозвище Дзаго, от которого пошла фамилия Дзагоев, могли дать очень общительному, разговорчивому человеку — от осетинского «зæгъæг» («сказавший», «говорящий»). Есть и другая версия: в основе лежит имя, образованное от слова «зæгъ» — «мелкий град со снегом». Такое имя могли дать ребенку, родившемуся во время непогоды. Какая из версий ближе к Дзахоевым — вопрос открытый, но связь двух фамилий (Дзахоев и Дзагоев) признаётся ономастами.

В документах фамилия фиксируется с XIX века. Например, в Книге памяти Республики Северная Осетия — Алания упоминаются осетины Дзахоев Николай Борисович (родился в 1878 году в селе Дзуарикау) и Дзахоев Ципра Шахмурзаевич (родился в 1888 году в селе Кадгарон). Это показывает, что, отпочковавшись от основного рода в Южной Осетии, отдельные ветви фамилии оставались и в Северной Осетии, в равнинных селах.