Фамилия Джаксыбаев — один из ярких примеров тюркских фамилий, образованных от географического названия. В её основе лежит гидроним — название реки Джаксы-бай. Согласно описанию XIX века, эта река берёт начало в горном кряже Акчате, течёт на юго-запад, прорезает озеро Сасык-куль и, не дойдя до реки Урала, теряется в песках. Вероятно, предок носителей фамилии был родом из этих мест, и фамилия закрепилась за ним по месту жительства или происхождения.

Значение самого топонима Джаксы-бай спорно, и лингвисты предлагают две основные версии. Первая, самая прямая, переводит название с казахского или киргизского как «хороший богач»: «джаксы» означает «хороший», а «бай» — «богатый, господин». Вторая гипотеза более сложная: она видит в названии искажённое алтайское «джаксы-бас» — «хорошая, умная голова, советник». Здесь «бас» (голова) со временем могло перейти в «бай» под влиянием более распространённого тюркского титула. Какая из версий вернее — вопрос открытый, но первая выглядит правдоподобнее, так как модель «хороший + титул/богатство» типична для тюркской топонимики.

Сама фамилия образована по классической русской модели: к основе Джаксыбай добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Джаксыбая» или «из рода Джаксыбаевых»). Такой способ — калька с тюркских отчеств на -улы/-кызы — был распространён в Российской империи при русификации фамилий кочевых народов. В отличие от многих фамилий, где -ев присоединяют к личному имени, здесь основой стало название реки, что делает фамилию редкой по словообразовательной модели.

Фамилия довольно редкая, и её география бытования — в первую очередь Казахстан, Киргизия и приграничные регионы России (Оренбуржье, Астраханская область). Встречается она и у казахов, и у киргизов, что неудивительно: река Джаксы-бай протекает на стыке этих территорий. Сословной привязки у фамилии нет — её могли носить как рядовые кочевники, так и представители местной знати, если верна версия с «умной головой»-советником.