Фамилия Джаксыбаевы — редкий пример, где за основу могла взяться не личное имя или прозвище, а название реки. Восходит она, вероятно, к киргизской реке Джаксы-бай, которая «берет начало в горном кряже Акчате, течет на юго-запад, прорезает озеро Сасык-куль и, не дойдя до реки Урала, теряется в песках». Предок Джаксыбаевых, видимо, жил в тех местах или перебрался оттуда.

Значение самого топонима спорное. По одной версии, название складывается из двух тюркских слов: «джаксы» — «хороший» и «бай» — «богатый». По другой, в основе лежит искаженное алтайское «джаксы-бас» — «хорошая, умная голова, советник». Оба варианта возможны, но первый проще и прозрачнее.

Фамилия оформилась по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к тюркской основе. Такие фамилии нередко встречались у дворянских родов, ведущих начало от выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. В XV–XVII веках многие нерусские по происхождению люди входили в состав российского дворянства, и их имена переделывали на русский лад. Сведения о восточных корнях родоначальника Джаксыбаевых считаются достаточно точными — их подтверждает само имя.

Несмотря на спорную этимологию, фамилия Джаксыбаевы остаётся ярким памятником восточной письменности и культуры, сохранившим связь с конкретным географическим объектом и древними языками.