Фамилия Джендоян — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — Дженд — наводит на мысль о топониме: в Турции есть город Дженд (современный Джандерес в провинции Газиантеп). В таком случае Джендоян — это «выходец из Дженда», как и множество фамилий на -ян, образованных от названий сёл и городов в Западной Армении и на сопредельных территориях.

Суффикс -ян — типичный армянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность («из рода такого-то»). Однако в данном случае он прикреплён не к имени, а к названию места. Если бы в основе лежало личное имя, мы бы ожидали форму вроде Джандоян (от Джан — «душа, дорогой»), но здесь гласный в корне — е, а не а. Разница в одну букву меняет этимологию: Джан — распространённый компонент имён, а Дженд — конкретный топоним.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «дженд» (сорт хлеба, зерно) или арабским «джанд» (войско). Но ни одна из них не объясняет, почему носители фамилии встречаются в основном среди армян, а не у соседних народов. Социальный контекст прост: большинство Джендоянов — потомки переселенцев из исторической Западной Армении, которые после геноцида 1915 года оказались в Армении, России или диаспоре. Фамилия не успела обрасти сословными маркерами — её носители в XIX веке были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, а не знатью.

В написании возможна путаница: в русских документах фамилию иногда записывали как Джендоянц (с добавлением -ц, что тоже встречается в армянских фамилиях из диаспоры). Нынешняя форма — результат упрощения при адаптации к русской орфографии.