Фамилия Джергения — один из ярких признаков абхазского происхождения. Её основа, корень «джерген», восходит к абхазскому слову «аџьыргьан» (аджыргьан), что означает «сокол» или «ястреб». В абхазской культуре сокол — символ гордости, зоркости и воинской доблести, поэтому прозвище Джерген мог получить либо человек с острым зрением, либо быстрый и стремительный в движениях, либо меткий стрелок.

Суффикс «-ия» — типичный для западнокавказских фамилий (сравните: Авидзба, Ладария, Чанба). В абхазском языке он выполняет функцию, близкую к русскому «-ов» или «-ин», указывая на принадлежность к роду. Таким образом, Джергения буквально значит «из рода Сокола» или «потомок того, кого прозвали Соколом». Это родовое имя, а не профессиональное или географическое.

Фамилия распространена в Абхазии и среди абхазской диаспоры в Турции (куда многие абхазы переселились в XIX веке после Кавказской войны). В России и Грузии носители Джергения встречаются реже, но их можно узнать по характерному окончанию. Важно не путать её с похожими грузинскими фамилиями на «-ия» (например, Джгереная) — в абхазском варианте ударение традиционно падает на второй слог: Джерге́ния.

Встречается и более редкая версия происхождения: от адыгского (черкесского) «джергъэ» — «кольчуга», «доспех». В этом случае прозвище мог получить воин или кузнец. Но большинство исследователей склоняются к «соколиной» этимологии, поскольку она лучше вписывается в абхазскую ономастическую традицию, где фамилии от названий птиц и хищников — частое явление.