Фамилия Джерхоян — редкий случай среди русских фамилий, поскольку она не славянского, а армянского происхождения. Её выдают сразу два признака: окончание на -ян и корень, который не поддаётся разбору по правилам русской ономастики. В армянском языке суффикс -ян (или более древний -янц) означает принадлежность к роду: буквально «из рода такого-то». Поэтому Джерхоян — это «из рода Джерха» или «потомок Джерха».

Сам корень «Джерх» (или «Джерк») не имеет однозначного толкования. Скорее всего, это искажённое или диалектное написание армянского имени или прозвища. В армянском языке есть слово «джер» (ձեռք) — «рука», но фамилия образована не от него напрямую. Более правдоподобная версия: основа восходит к топониму — названию села, города или местности. Например, в Западной Армении (историческая область, ныне на территории Турции) существовал топоним Джерк или Джерх. Переселенцы из такого места могли получить фамилию по названию родины — типичная модель для армянских фамилий, особенно после геноцида и массовых исходов начала XX века.

Другая версия — прозвище по роду занятий или внешности. «Джерх» могло быть вариантом слова «чарх» (колесо, мельница) в некоторых диалектах, но это спорно. Скорее всего, фамилия не связана с ремеслом, а указывает на географическое происхождение.

Написание фамилии с буквой «о» перед «ян» (Джерхоян, а не Джерхян) — норма для армянских фамилий, прошедших через русскую паспортную систему. В оригинале она могла звучать как Джеркян или Джергян, а вставное «о» — результат адаптации к русской фонетике, чтобы избежать стечения согласных. Встречаются варианты Джеркоян и Джергоян, но Джерхоян — самый частый.

В России фамилия встречается крайне редко, в основном на юге страны, в Краснодарском крае и Ростовской области, где есть армянские диаспоры. Сословной принадлежности предков установить почти невозможно: среди армянских фамилий на -ян были и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Никаких особых привилегий носители фамилии не имели.