Фамилия Джундибаева — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского имени. Чтобы понять её значение, нужно разобрать основу на части. Первая часть, «джунди» (или «жунди»), скорее всего, восходит к арабскому слову «джунд» — «войско», «воин». В тюркских языках это слово могло означать «военный», «солдат», а иногда использовалось как личное имя, подчёркивающее мужество и силу. Вторая часть, «бай», — один из самых распространённых компонентов в тюркской ономастике, означающий «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, всё имя Джундибай можно перевести как «богатый воин» или «господин-воин». Фамилия Джундибаева — это женская форма от мужской Джундибаев, то есть «дочь или жена Джундибая».

Суффикс -ев (в мужском варианте) указывает на русскую модель оформления фамилий, что типично для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где в XIX–XX веках при фиксации фамилий по русскому образцу к тюркским именам добавляли окончания -ов/-ев. Сама фамилия наиболее вероятна у казахов, башкир или татар, у которых имя Джундибай встречается в исторических источниках. Встречается она и у представителей других тюркских народов, но реже.

В отличие от многих фамилий, где корень легко спутать с географическим названием или профессией, у Джундибаевой прозрачная семантика: предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком, получившим имя Джундибай — либо за военную доблесть, либо как потомок воина. Важно не путать эту фамилию с похожей по звучанию Джандибаевой, где первая часть «джан» означает «душа» — это совсем другое значение. Споров о происхождении здесь практически нет: арабское заимствование «джунд» в тюркской среде хорошо изучено, а компонент «бай» стандартен. Единственная тонкость — вариант написания через «ж» (Жундибаева) встречается у некоторых народов, где звук «дж» переходит в «ж», но это не меняет смысла.

Известных носителей фамилии в общероссийском или мировом масштабе нет, что делает её типичной для локальных родовых имён, не получивших широкой известности за пределами своего региона. Фамилия не имеет отношения к дворянству или сословным привилегиям — она просто фиксирует личное имя предка.