Фамилия Джундибаев — яркий пример фамилий, образованных на стыке тюркского и арабского языков, с характерным восточным суффиксом. Она не принадлежит к числу распространённых русских фамилий на -ов/-ев, а скорее отражает историю народов Средней Азии и Кавказа, где подобные модели словообразования типичны.

Основа фамилии — «Джундибай». Разложим её: «джунди» (или «жунди») восходит к арабскому слову «джунд» (جند) — «войско», «армия», «воин». В тюркских языках это слово закрепилось в значении «солдат», «военный человек». Вторая часть — «бай» — тюркское слово, означающее «богач», «господин», «хозяин». Изначально это был социальный статус, позже ставший компонентом имён и прозвищ. Таким образом, имя Джундибай буквально означает «воин-господин» или «богатый воин». Фамильный суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность: «сын Джундибая» или «из рода Джундибаевых».

Вероятнее всего, фамилия Джундибаев сформировалась в среде оседлого тюркоязычного населения, например, у узбеков, казахов, таджиков (где арабские заимствования сильны) или у народов Северного Кавказа, где имя Джундибай встречается как редкое мужское имя. Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным влиянием ислама и тюркской культуры. Поскольку фамилия не является исконно русской, её носители в России, скорее всего, потомки выходцев из этих регионов, которые могли получить фамилию при переписях или паспортизации в XIX–XX веках.

Особенность фамилии — её «военный» подтекст, который почти стёрся в современном бытовании. Если предок носителя был назван Джундибаем, это могло указывать на его роль в местной дружине или на уважение к воинской доблести. Других версий происхождения, например, от географического названия или профессии, не связанной с войском, практически нет — корень слишком прозрачен для арабской лексики.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же «военных» фамилий, как Аскеров (от «аскер» — солдат), Батыров (от «батыр» — богатырь) или Казаков. Но в отличие от них, Джундибаев — более редкая и локальная форма, не получившая массового распространения за пределами исходных регионов.