Фамилия Джундубаев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в тюркской языковой среде. Скорее всего, основа фамилии восходит к тюркскому прозвищу или имени, которое можно разложить на две части: «джунду» и «бай». В тюркских языках «бай» — это «богач», «хозяин», «господин», часто входившее в состав имён и прозвищ как указание на статус. Первая часть «джунду» менее ясна: она может быть искажённым вариантом тюркского «джун» (шерсть, руно) или «джунды» (относящийся к шерсти). Если это так, то исходное прозвище Джундубай означало бы «богатый шерстью» или «шерстяной бай» — намёк на занятие скотоводством или торговлей шерстью. Однако не исключено, что «джунду» — это личное имя или антропоним, который со временем слился с титулом.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию: фамилии на -ев образуются от тюркских основ, оканчивающихся на согласный или «й» (как в случае с «бай»). Модель типична для русификации нерусских фамилий в XIX–XX веках, когда носители тюркских фамилий переходили на русскую форму. Географически фамилия Джундубаев встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье — регионах, где тюркские языки (ногайский, кумыкский, татарский) соседствуют с русским. Возможно, предки носителя фамилии были скотоводами или торговцами, а прозвище закрепилось за родом как указание на достаток.

Известных носителей этой фамилии в публичном пространстве почти нет, что делает её ещё более локальной и редкой. Спорных версий здесь немного: единственная альтернатива — связь с персидским «джан» (душа), но это маловероятно, так как «джунду» не укладывается в эту фонетику. В целом, фамилия Джундубаев — это типичный пример тюркско-русского синтеза, где прозвище, связанное с хозяйством или статусом, превратилось в фамилию через суффикс -ев.