Фамилия Джунушев — яркий пример тюркской модели образования русских фамилий. Её основа восходит к мужскому личному имени Джануш или Джунуш, которое в свою очередь является производной формой от персидско-тюркского «джан» — «душа», «жизнь». Имя Джануш (варианты: Жануш, Джануша) в прошлом было распространено у многих тюркоязычных народов, особенно в Средней Азии и на Кавказе, и означало «душенька», «милый», «родной». Джунушев — это патроним, то есть фамилия, образованная от имени отца: Джунуш + -ев (русский суффикс принадлежности, адаптированный к основам на мягкий согласный).

Суффикс -ев в данном случае не случаен. В XIX — начале XX века, когда шёл массовый процесс русификации фамилий в Российской империи, многие нерусские фамилии получали стандартные русские окончания. Если основа заканчивалась на -ш или -ж, по правилам русской грамматики добавляли именно -ев, а не -ов (ср. Караш → Карашев, Абдуш → Абдушев). Таким образом, Джунушев — не переделка, а грамматически точная запись исходного патронима.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильно влияние киргизского и казахского языков, — Кыргызстан, юг Казахстана, а также отдельные районы Узбекистана. В России она встречается редко, в основном среди потомков переселенцев из этих областей. В самой Киргизии фамилия Джунушев (и её киргизский аналог Жунушев) — одна из самых распространённых, что говорит о древности и популярности имени-основы.

Интересная деталь: в некоторых диалектах киргизского языка слово «жүнүш» имело ироничное второе значение — «слабый», «бесхарактерный человек». Однако маловероятно, что именно это прозвище легло в основу фамилии. Ономастика знает немало случаев, когда имя из ласкательной формы (Джануш) со временем фонетически совпадало с другим, неблагозвучным словом, но фамилия сохраняла память именно о первом, положительном значении.

Сословно Джунушевы не были привязаны к какому-то одному слою. Имя Джануш могли носить и простые кочевники, и представители знати — в тюркской среде оно было универсальным. Поэтому среди носителей фамилии есть и крестьяне, и военные, и учёные. В архивных записях XIX века фамилия фиксируется в метрических книгах Пишпекского и Пржевальского уездов Семиреченской области — тогда её писали через «е» («Джунушевъ»), что и закрепилось в современном русском написании.