Фамилия Джунушева — яркий пример тюркской фамилии, образованной по русской словообразовательной модели. Основа здесь — мужское имя Джунуш (или Джунус), а суффикс -ов (-ева) указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Джунуша». В русской традиции такие фамилии закреплялись за потомками по отцовской линии, поэтому буквальное значение — «из рода Джунуша».

Само имя Джунуш — это тюркская (скорее всего, киргизская или казахская) форма арабского имени Юнус, которое восходит к библейскому пророку Ионе (в Коране — пророк Юнус). Имя широко распространено среди мусульманских народов Центральной Азии. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Джуну́шева, хотя в разговорной речи возможны варианты.

Географически фамилия Джунушева почти наверняка привязана к Кыргызстану, реже — к Казахстану. В России она встречается в основном среди потомков мигрантов из этих регионов. Окончание -ева (а не -ова) — стандартный вариант для фамилий, основа которых заканчивается на шипящий или мягкий согласный (в данном случае «ш»).

О социальном происхождении носителей фамилии сказать что-то определённое сложно. В отличие от русских дворянских фамилий на -ский, тюркские фамилии на -ов/-ев не указывают на сословие. Предки Джунушевых могли быть и скотоводами, и ремесленниками, и торговцами — фамилия фиксирует только имя основателя рода, а не его профессию или статус.

Стоит отметить, что в русской среде фамилия Джунушева нередко сталкивается с вариативностью написания: в документах можно встретить варианты Джунусова, Джунушова или даже Джунушев (без окончания -а). Это связано с трудностями передачи тюркских звуков кириллицей и разным восприятием ударной гласной. Наиболее точной с точки зрения этимологии считается форма Джунушева, так как она сохраняет исходное имя Джунуш.