Фамилия Ефратов — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: что было раньше — имя или река. На слух она почти совпадает с названием Евфрат, одной из великих рек Ближнего Востока, и это первое, что приходит в голову. Но в русской ономастике прямой перенос гидронима в фамилию — случай редкий, почти исключительный. Чаще он работает через прозвище: человека могли назвать Евфратом за что-то — за смуглую кожу, за долгое путешествие в те края, за торговлю восточными товарами. Такое прозвище вполне могло закрепиться в купеческой или служилой среде, особенно в южных городах, где контакты с Востоком были обычным делом.

Однако есть и более прозаичная, но лингвистически надёжная версия. Фамилия Ефратов может быть образована от канонического имени Ефрат, которое встречается в святцах. Это имя греческого происхождения (Ephratus) и означает «весёлый», «радостный». В таком случае суффикс -ов указывает на принадлежность: Ефратов — сын Ефрата. Подобная модель типична для русских фамилий, образованных от крестильных имён, и она не требует экзотических объяснений. Важно отметить, что имя Ефрат — редкое; его носители в дореволюционной России были, скорее всего, из духовного сословия или из старообрядческих семей, где держались за нечастые, архаичные имена.

Если взглянуть на географию, фамилия Ефратов встречается в основном на юге России и в Поволжье — в Волгоградской, Ростовской, Астраханской областях. Это как раз те регионы, где и река Евфрат могла быть на слуху (через торговлю и военные походы), и имя Ефрат имело шанс сохраниться в старых крестьянских родах. В центральных и северных губерниях фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её локальный, южный характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Евфратов, Ефраткин, Ефратьев — показывает, что вариант Ефратов самый распространённый. Форма с «Ев-» (Евфратов) встречается реже и явно книжного происхождения: её могли давать в семинариях, где любили «облагородить» фамилию греческим написанием. Простой Ефратов — это, скорее всего, народная, бытовая форма, без искусственной правки.

Таким образом, носитель фамилии Ефратов может с равной вероятностью вести род от человека, получившего прозвище по реке, или от носителя редкого крестильного имени Ефрат. Первая версия живописнее, вторая — надёжнее с точки зрения типовой модели русских фамилий. В любом случае, это не случайная и не поздняя фамилия: она уходит корнями в допетровскую Русь, когда имена-прозвища и редкие святцы ещё свободно конкурировали друг с другом.