Фамилия Ефрюкова — женская форма фамилии Ефрюков, а та, в свою очередь, восходит к мужскому имени Ефрем. В разговорной речи имя Ефрем (от древнееврейского «плодовитый») нередко сокращали и переделывали: появлялись варианты Ефрюня, Ефрюха, Ефрюша. От одной из таких обиходных форм — Ефрюк — и пошла фамилия. Суффикс -юк здесь указывает на принадлежность к роду: буквально «сын Ефрюка», то есть «сын Ефрема».

В отличие от более распространённых фамилий на -ов и -ин, модель на -юк чаще встречается в южнорусских и украинских говорах. Поэтому Ефрюковы, скорее всего, происходят из областей, где такие формы были в ходу — например, из Курской, Белгородской или Воронежской губерний. Встречается фамилия и на севере, но там она могла быть принесена переселенцами.

Сам по себе корень «Ефр-» не редкость в русских фамилиях: Ефремов, Ефремычев, Ефросинин. Но суффикс -юк выделяет Ефрюкова из этого ряда и говорит о более тесной связи с народной, неофициальной традицией имянаречения. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянской среде такие «простонародные» формы почти не встречались.

Прозвище Ефрюк могло закрепиться и за человеком, которого в округе знали не по полному церковному имени, а по домашнему, уличному варианту. Так через бытовую речь и возникла фамилия, сохранившая звучание разговорного русского языка XVI–XVII веков.