Фамилия Ефлюкова образована от мужского имени Ефлюк, которое в русском языке является просторечной формой крестильного имени Евплий. Имя Евплий (от греческого «эуплоос» — «хорошо плавающий», «благополучный в плавании») было распространено в святцах, но в народе его переделали на более привычный лад: Евплий превращался в Еплия, Еплюя, а затем и в Ефлюка. Такая замена глухого согласного «п» на «ф» типична для простонародного произношения: звук «ф» был несвойственен исконно русской фонетике и появлялся в заимствованных именах как результат оглушения или замены.

Суффикс -ов- в окончании фамилии указывает на принадлежность: Ефлюков буквально значит «сын Ефлюка». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён. В данном случае основа редкая — имя Ефлюк почти не встречается в современных документах, но в XVI–XVII веках оно могло бытовать в северных и среднерусских областях, где часто искажали греческие имена до неузнаваемости.

Интересно, что фамилия Ефлюкова не связана с каким-либо ремеслом или прозвищем — её корень чисто именной. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, которого в церковных книгах записали по имени отца. Географически фамилия тяготеет к центральной России и Поволжью: по данным современных справочников, Ефлюковы встречаются в Тверской, Ярославской и Нижегородской областях. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Ефлюко́ва, но в большинстве говоров ударение падает на первый: Е́флюкова.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Евплов, Евплюхин, Еплин) показывает, что все они восходят к одному церковному имени, но разошлись по диалектам. Ефлюкова — один из самых редких вариантов, что делает её особенно ценной для генеалогов: такая фамилия почти не подвергалась унификации и сохранила народное произношение XVII века.