Фамилия Ефлюков — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается имя, прошедшее долгий путь народных изменений. В основе фамилии лежит имя Ефлюк. Оно не встречается в святцах, а возникло в живой речи как упрощённая форма целого ряда греческих по происхождению имён.

Скорее всего, Ефлюк — это просторечный вариант таких имён, как Евлампий (от греческого «благой свет»), Евласий («благосклонный»), Евлалий («благоречивый»), Евлогий («благословный, красноречивый») или Евлентий (он же Евмений — «милостивый»). Все они входили в святцы, но в крестьянской и купеческой среде длинные имена было принято сокращать. Механизм появления формы Ефлюк выглядит так: от полного имени отсекали часть, получая основу «Евл-» или «Ев-», затем добавляли суффикс -юк (характерный для украинского и южнорусского имясловия), а начальное «Ев-» под влиянием произношения превратилось в «Еф-». Так Евлампий или Евлогий становились Ефлюком.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Ефлюков буквально означает «сын Ефлюка» или «потомок Ефлюка». Со временем это отчество закрепилось как наследственное родовое имя.

Фамилия редкая. В отличие от массовых Ивановых или Кузнецовых, Ефлюковы не встречаются повсеместно. Основной ареал — южные регионы России, где были сильны малороссийские говоры, а также территории бывшего Дикого Поля, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Встречаются Ефлюковы в Волгоградской, Ростовской областях и в некоторых районах Украины.

Благородных корней у фамилии нет. Ефлюковы — потомки крестьян, посадских людей или однодворцев, то есть тех сословий, где имена часто переделывали на свой лад. Дворянские роды с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» не значатся.

В написании фамилии возможны варианты: Ефлюков (через «ф») и реже Ефлюковъ (с твёрдым знаком в дореволюционной орфографии). Вариант через «в» (Евлюков) тоже мог бы существовать, но именно форма с «ф» закрепилась в документах — это следствие акающего произношения и оглушения согласного на стыке корня и суффикса.