Фамилия Ефлюков образована от имени Ефлюк. Это имя может представлять собой просторечный вариант одного из греческих имен: Евлампий (переводится как «светящийся», «хороший, благой свет»), Евласий («благосклонный»), Евлалий («благоречивый»), Евлогий («благословный», «красноречивый») или Евлентий (Евмений) («благосклонный, милостивый»). Форма Ефлюк возникла в результате следующих модификаций любого из указанных имен: Евлампий (или другое имя) — Евля — Евлюк — Ефлюк. При образовании славянских фамилий нередко использовались окончания принадлежности -ов/-ев. Таким образом, потомок человека, которого звали Ефлюк, со временем получил фамилию Ефлюков.