Фамилия Ефтений — редкий пример фамилии, образованной напрямую от полной формы имени, без патронимического суффикса. В русской традиции такие случаи единичны: обычно фамилии на -ий, -ой или -ый появлялись из прилагательных (Толстой, Благовещенский) или из прозвищ, но Ефтений стоит особняком.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Евтихий (от греческого eutyches — «счастливый, удачливый»). В народном произношении имя упростилось: «в» перешло в «ф» (характерная черта южнорусских и украинских говоров), а конечное «-ий» стянулось. Получилось Ефтений — именно так, с ударением на второй слог. Фамилия закрепила эту разговорную форму, минуя обычный путь через отчество (которое дало бы Ефтихиев, Ефтихов или Ефтеньев).

Носители фамилии Ефтений — это, скорее всего, потомки человека, которого в документах записали не по отцу, а по личному имени, возможно, для отличия от многочисленных однофамильцев. Такая модель встречается в среде духовенства и крестьянства, где фамилии иногда давали прямо по имени, без переделки. Географически фамилия тяготеет к западу и югу России: Украина, Белгородская, Курская области, а также Молдавия. В центральных и северных регионах она почти не встречается.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Евтихиев, Евтихов, Ефтифеев) показывает, что Ефтений — одна из самых компактных и архаичных форм. Она сохранила не только звучание, но и ударение исходного имени, что редкость для фамилий, прошедших через письменную фиксацию.