Фамилия Еистигнеев — редкий и яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в неожиданной орфографии. Её основа — каноническое крестильное имя Евстигней (от греческого «эу» — «благо» и «стигнос» — «благородный», «знатный»), то есть «добрознатный» или «благородный». В русской традиции имя быстро обрастало диалектными вариантами: Евстигней, Евстигнеюшка, а в просторечии — Евстигнеев сын, что и дало стандартную фамилию Евстигнеев. Но в написании «Еистигнеев» (с начальным «Еи» вместо «Ев») мы видим не ошибку, а фонетическую запись: в некоторых говорах, особенно северных и южнорусских, звук «в» перед глухим согласным или в начале слова мог редуцироваться, выпадать или переходить в «и». Так «Евстигней» на слух превращался в «Еистигней», и это произношение попало в документы.

Словообразовательная модель здесь классическая: полное имя (Еистигней) плюс патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Еистигнеев сын). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного «н». Фамилия эта — редкая даже на фоне более частого Евстигнеев. По данным переписей и архивов, она почти не встречается за пределами центральных и северных губерний России, где и сохранились архаичные диалектные черты. Скорее всего, предок носителя — крестьянин или посадский человек, чьё имя в метриках записали «на слух» местный писарь или священник, не сведущий в книжной норме.

В ономастических справочниках (например, в работах В. А. Никонова) фамилия Еистигнеев не выделяется как самостоятельная, а упоминается в ряду вариантов от Евстигней — наряду с Евстигнеев, Евстигнеевский, а также редкими формами вроде Истигнеев. Именно форма с «Еи» — самая маргинальная и ценная для лингвистов: она фиксирует живую речь XVIII–XIX веков, когда церковные имена «обкатывались» в народе. Сегодня такая фамилия — почти стопроцентный маркер того, что предки жили в местности, где «в» на стыке гласных не читалось, а имя звучало как «Яистигней» или «Еистигней» (ср. диалектное «Яистигней» в рязанских говорах).

Единственная сложность — не путать фамилию с опечаткой. В дореволюционных документах «Еистигнеев» могло быть результатом небрежности писаря, но если форма повторяется в нескольких поколениях (в метриках, ревизских сказках), это уже устойчивое написание. В современном русском языке фамилия сохраняется как есть, без «исправления» на Евстигнеев — её носители, как правило, дорожат этим отличием.