Фамилия Еканешникова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не место, а звукоподражание или диалектное слово, связанное с манерой речи. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, эта образована через суффикс -ник, который в антропонимии обычно указывает на человека, имеющего отношение к чему-то: «тот, кто делает Х» или «тот, у кого есть Х». Здесь же «-ник» присоединился к глагольной основе «еканеш-», что сразу наводит на мысль о прозвище.

Корень фамилии — «екать», то есть произносить звук «е» вместо «о» или «а» в определённых позициях (например, «екать» в диалектах означало говорить на «е» вместо «я» или «ё»). В русских говорах «еканье» — это особенность выговора, когда после мягких согласных вместо «о» слышится «е»: «несёшь» произносят как «несешь», «ведро» — как «ведро». Прозвище Еканешник, скорее всего, дали человеку с ярко выраженной речевой манерой — тому, кто «екал» или «еканил», то есть говорил с характерным диалектным оттенком. Суффикс -ешник (а не -ишник) — редкая, но встречающаяся в северных и центральных говорах форма, указывающая на носителя признака: ср. «нуканешник» (тот, кто нукает, погоняет лошадей) или «аканешник» (говорящий на «а»).

Версия о происхождении от имени или названия места маловероятна: ни в святцах, ни в топонимике не зафиксировано основы «Еканеш-». Слаба и гипотеза о связи с тюркскими корнями — в фамилии нет типичных тюркских аффиксов, а звуковой облик чисто русский. Таким образом, Еканешниковы (и их женская форма Еканешникова) — потомки человека, получившего прозвище за диалектную особенность речи. Это типичная «речевая» фамилия, каких в русской ономастике немного: она не про род занятий или внешность, а про то, как человек говорил.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Еканешниковы встречаются в основном в центральных регионах России (Тверская, Ярославская, Московская области) — как раз в зоне распространения «екающих» говоров. В других регионах фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Сословно предки, вероятно, были крестьянами или мещанами — прозвища такого типа редко давали дворянам, а фиксация фамилии в метрических книгах XIX века указывает на непривилегированные слои.

Форма Еканешникова — женский вариант, который в современной русской традиции не склоняется только в разговорной речи, а в официальных документах подчиняется правилам: Еканешниковой, Еканешникову и т.д. В редких случаях встречается написание через «ё» — Ёканешникова, но это орфографический вариант, не меняющий смысла.