Фамилия Экимсеева образована от мужского имени Экимсей, которое является народной формой крестильного имени Иоаким. В русском языке имя Иоаким (древнееврейское «Йехоаким» — «Яхве воздвигнет») прошло длинный путь упрощения: через формы Аким, Еким и, наконец, Эким. Суффикс -сей в имени Экимсей — редкий и, вероятно, диалектный, он мог возникнуть под влиянием других имён на -сей (например, Авксентий, Арсений). Таким образом, Экимсей — это тот же Иоаким, но в местном, народном произношении.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Экимсе- прибавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Экимсея). Окончание -а — женский род, то есть носительница фамилии — женщина. Мужской вариант — Экимсеев.

Географически фамилия редкая и, скорее всего, имеет южнорусские или украинские корни: там формы с начальным «Э» (вместо «Е» или «И») встречаются чаще, особенно в говорах, граничащих с украинским языком. В украинском языке имя Иоаким традиционно звучит как Яким, но в отдельных диалектах могло переходить в Эким через влияние белорусского или польского произношения.

Социальный контекст: носители фамилии Экимсеев/Экимсеева — потомки крестьян или мещан, так как фамилии на -ев от полных форм имени (а не от уменьшительных) в дворянской среде почти не встречались. Предок, которого звали Экимсей, мог быть человеком, которого в документах записали не по каноническому церковному имени, а по тому, как его называли в быту. Это не редкость для XVII–XVIII веков, когда приходские священники фиксировали имена на слух, не сверяясь со святцами.

Спорных версий у этой фамилии нет: основа прозрачна, суффикс типичен, а редкое начало на «Э» не должно вводить в заблуждение — это та же группа имён, что дала фамилии Акимов, Екимов, Якимов.