Фамилия Еклин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: к какому из двух возможных корней её привязать. Оба варианта лежат в русской ономастике, но ведут к разным прозвищам.

Первый и самый очевидный путь — через крестильное имя Еким, народной формы канонического Иоаким. В старину имя Иоаким (в переводе с древнееврейского «поставленный Богом») в быту звучало как Еким, Аким или Яким. Отсюда пошла целая россыпь фамилий: Акимов, Екимов, Якимов, а также Еклин. В этой модели фамилия образована по тому же принципу, что и Федин от Федя или Петин от Петя: к основе Екл- (из Еким через усечение) добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «сын Еклы», то есть уменьшительного от Еким.

Вторая версия отсылает к прозвищу Екла, которое могло возникнуть от глагола «екать» — запинаться в речи, говорить с остановками или характерным звуком «е». В русских говорах «еклой» иногда называли заику или человека с невнятной дикцией. Прозвища по речевым особенностям — распространённый источник фамилий: вспомните Заикин, Картавцев. Если принять эту версию, Еклин — потомок человека, которого в округе дразнили Еклой.

География фамилии узкая. Еклины встречаются преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, особенно в бывшей Симбирской губернии. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия не зафиксирована в боярских списках или дворянских родословных — её носители, судя по всему, были крестьянами или посадскими людьми. В переписях XIX века Еклины числятся в основном государственными крестьянами, что косвенно подтверждает бытовое, а не церковное происхождение: крестильное имя Еким давали часто, но суффикс -ин в сочетании с усечённой основой встречается реже, чем полные формы на -ов.

Спор между двумя версиями разрешается в пользу первой — от имени Еким. Прозвище Екла хоть и возможно, но не имеет столь же широкой поддержки в диалектных словарях, как, скажем, прозвище Екотун. К тому же модель «имя → уменьшительное → фамилия» для русского языка типологически надёжнее, чем единичное прозвищное гнездо. Тем не менее, обе гипотезы имеют право на существование, и без точного знания истории конкретной семьи — откуда родом предки, как их записывали в ревизских сказках — выбрать окончательную невозможно.