Фамилия Ексаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ексаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ексаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ексаев образована восточного имени Ексай, которое, в свою очередь, восходит к казахскому слову «eki», что в переводе на русский язык означает «два», и монгольскому «саин» (в составе имени принимал форму «сай») в значении «хороший, славный». Вполне возможно, что имя Ексай, а соответственно и фамилия Ексаев, в буквальном смысле означает «вдвойне хороший». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ексаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ексаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.