Фамилия Екшембеев — один из тех случаев, когда написание скрывает первоначальный облик слова. Перед нами фонетический вариант более древней фамилии Якшембеев. Замена начального «Я» на «Е» произошла в русском произношении или при записи фамилии в документах — явление для тюркских заимствований обычное.

В основе лежит мужское имя Якшембей. Оно составное: первая часть восходит к тюркскому «якшембе» — «воскресенье, воскресный день». Вторая часть «-бей» в тюркских языках означала «господин, князь, хозяин». Получается, имя Якшембей буквально значило «господин воскресенья» или «рождённый в воскресенье».

Имена по дням недели встречались у многих тюркских народов — татар, башкир, казахов, ногайцев. В старину ребёнку могли дать имя по дню его рождения, чтобы отметить событие или призвать удачу. Воскресенье в исламской среде не было священным днём (в отличие от пятницы), но как календарная метка имя Якшембей вполне прижилось.

Суффикс «-ев» в фамилии Екшембеев — типичный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Якшембея». Такую модель образования фамилий у тюркских народов подробно описал Б. Унбегаун в своей книге «Русские фамилии».

С точки зрения географии, фамилия Екшембеев встречается в основном в Поволжье и Приуралье — регионах, где веками жили татары и башкиры. Встречается и написание Якшембеев, но вариант с «Е» стал более распространён в русскоязычной среде.

Таким образом, предок современных Екшембеевых — человек по имени Якшембей, родившийся в воскресенье или названный в честь этого дня. Со временем имя превратилось в фамилию, которая передала память о календарном прозвище через поколения.