Фамилия Екшембеев представляет собой фонетический вариант фамилии Якшембеев, которая образована от мужского имени Якшембей. Это имя восходит к тюркскому слову «якшембе», что значит «воскресенье, воскресный». В старину подобные имена, данные по названию дней недели или календарных праздников, были довольно популярны у многих народов. Таким образом, потомок человека, которого звали Якшембей, со временем получил фамилию Екшембеев.