Фамилия Екшимбеев звучит непривычно для русского уха, и это сразу указывает на её восточное происхождение. Основа фамилии — личное имя Екшимбей. Оно, в свою очередь, сложное: состоит из двух тюркских корней. Первая часть «Екшим» — это форма древнетюркского слова «икши» или «йигит», что означает «молодец», «добрый молодец», «удалец». Вторая часть «бей» — это титул «господин», «князь», «предводитель». Таким образом, имя Екшимбей буквально переводится как «господин-молодец» или «удалой господин». Это было имя-пожелание: родители надеялись, что сын вырастет смелым, достойным и уважаемым человеком.

Модель образования фамилии — классическая для русификации тюркских имен. К основе Екшимбей прибавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «сын Екшимбея». Окончание -ев, а не -ин, выбрано потому, что основа оканчивается на согласный (й). Такая схема — добавление русского суффикса к нерусскому имени — была типична для XVI-XIX веков, когда представители тюркских народов (татары, башкиры, казахи, ногайцы) входили в состав Российского государства, и их имена фиксировались в документах на русский лад.

Фамилия Екшимбеев довольно редкая. Её география связана с регионами, где исторически проживают тюркские народы: Поволжье (особенно Татарстан и Башкортостан), Оренбургская область, а также Казахстан. Носители фамилии, скорее всего, происходят из татарской или башкирской среды. Учитывая, что в основе лежит титул «бей», можно предположить, что предок носителя фамилии был не рядовым общинником, а принадлежал к местной знати или был уважаемым старшиной рода. В сословном обществе Российской империи такие фамилии часто закреплялись за служилыми татарами или башкирами, которые несли военную или административную службу.

Встречаются варианты написания: Екшимбаев, Екшимбиев. Форма с буквой «е» на конце (Екшимбеев) — самая распространенная и грамматически верная, так как она точнее передает звучание исходного имени. Фамилия не склоняется по падежам как прилагательное (Екшимбеев, Екшимбеева), а как существительное мужского рода (Екшимбеев, Екшимбееву).