Фамилия Екубов нечасто встречается в центральной России, но хорошо знакома жителям Поволжья, Урала и особенно Кавказа. Её происхождение напрямую связано с именем Екуб — одной из народных форм библейского имени Иаков (Яков). В тюркских языках, в первую очередь у татар, башкир и народов Дагестана, звук «я» часто переходил в «е» или «йе», поэтому имя Якуб превратилось в Екуб. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, означающую «сын Екуба» или «принадлежащий Екубу».

Таким образом, родоначальника Екубовых, скорее всего, звали Екуб. Это имя было особенно распространено среди мусульманских народов, поскольку Иаков (Якуб) почитается в Коране как пророк. В татарской и башкирской среде фамилия Екубов встречается чаще, чем в русской, и может соседствовать с более привычным написанием Якубов. Разница в первой букве — не ошибка, а отражение местного произношения: где-то говорили «Якуб», где-то — «Екуб».

Интересно, что в некоторых случаях фамилия могла закрепиться за переселенцами с Кавказа, где имя Екуб также бытовало у лезгин, аварцев и других народов. Однако в большинстве своём Екубовы — это потомки крещёных или просто обрусевших татар, которые в XIX веке получали фамилии по имени отца. География фамилии сегодня охватывает Татарстан, Башкортостан, Оренбургскую и Самарскую области.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя + русский патронимический суффикс. Никаких редких суффиксов или сложных прозвищ здесь нет, что делает фамилию прозрачной для этимологии. Сравните с однокоренными Якубов, Якупов (тоже от Якуба, но по другой модели) и Екупов — все они восходят к одному источнику, но разошлись в написании из-за диалектных особенностей.