Фамилия Екубенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространенной в восточной и южной Украине. Формант -енко исторически означал «маленький» или «сын»: Екубенко — это буквально «сын Екуба». Вопрос в том, кто такой Екуб.

Здесь мы сталкиваемся с любопытным фонетическим переходом. Основа «Екуб» — это украинское или южнорусское произношение арабского имени Якуб (библейский Иаков). В русском языке начальное «Я» часто переходило в «Е»: ср. Яков и народное Еким (от Иоаким). То же самое произошло в украинских говорах: Якуб превратился в Екуб. Таким образом, фамилия Екубенко — это патроним, указывающий на предка по имени Якуб (Яков).

Стоит отметить, что имя Якуб было особенно распространено среди тюркских народов и крымских татар, которые тесно контактировали с запорожским казачеством и населением южных степей. Поэтому носитель фамилии Екубенко мог быть потомком как православного украинца с именем Яков, так и человека, носившего тюркскую форму этого имени. Сама фамилия закрепилась в украинской среде, скорее всего, в Запорожской Сечи или на Слобожанщине, где смешение культур было обычным делом.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые характерны для великорусских территорий, суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение и более позднюю эпоху формирования фамилий (XVII–XVIII века). Екубенко — редкий пример, где за привычной украинской моделью стоит не славянское имя, а его адаптированный восточный вариант.