Фамилия Екушова, скорее всего, ведет начало от названия деревни Екуша в Ненецком округе, а не напрямую от прозвища. Это поселение возникло в конце XIX века на островах по берегам Малой и Большой Печоры. Предок Екушовых мог родиться или долго жить в этом месте, а фамилию ему дали по месту выхода. Само название деревни восходит к имени первого поселенца — Екуш. Это имя представляет собой «екающий» вариант имени Якуш, которое, в свою очередь, является производной формой церковного имени Яков. В переводе с древнееврейского Яков означает «последователь» или «второй по рождению».

Существует и другая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, фамилия Екушова — это фонетический вариант фамилии Якушова. В этом случае основой служит прозвище Якуш, связанное с диалектным словом «якуш». В некоторых говорах так называли плотника-резчика, который делал украшения на избы и суда. Тогда прозвище относится к «профессиональным» именованиям и указывает на род занятий человека. В любом случае, потомок человека по прозвищу Екуш или выходец из деревни Екуша со временем получил фамилию Екушова.