Фамилия Елахунова — женская форма фамилии Елахунов, и её разговорное звучание сразу наводит на мысль о тюркском или восточном происхождении. Это не случайно: основа «Ела(х)ун» с высокой вероятностью восходит к личному имени или прозвищу, образованному от тюркского слова «яла» / «йала» — «пламя», «огонь» или «свет». В некоторых диалектах «ялахун» может означать «огненный», «сияющий» или «пылающий» — такое прозвище могли дать человеку с яркой внешностью, вспыльчивым характером или, что реже, по роду занятий, связанному с огнём (кузнец, кочегар, сторож у очага).

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища, причём окончание «-а» в женской форме — это грамматический показатель рода. Таким образом, Елахуновы — это потомки человека по прозвищу Ела(х)ун. Фамилия редкая, не входит в число распространённых русских фамилий, что говорит о её локальном бытовании. Встречается она преимущественно у народов Поволжья и Урала — у татар, башкир, чувашей, а также у русских, долгое время живших в тесном контакте с тюркскими народами. Возможно, первоначальная форма была татарской (Елахун улы) или башкирской, а затем адаптирована к русской патронимической модели.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с арабским именем Ильяс (Илья) через диалектные искажения, но в таком случае ожидалась бы форма Ильясов или Ельясов. Учитывая звучание «Елахун», тюркский корень «яла» (огонь) выглядит убедительнее. Также есть гипотеза, что основа могла быть топонимической: от названия местности вроде Елахово или Елаха, но такие топонимы сами, скорее всего, восходят к тому же тюркскому корню.

В дореволюционной России носители фамилии Елахуновы относились к крестьянскому или мещанскому сословию, не были дворянами. Сведений о выдающихся исторических личностях с этой фамилией нет — это фамилия простых людей, чья история хранится в метрических книгах и ревизских сказках губерний Казанской, Уфимской, Оренбургской. Сегодня она остаётся редкой, что делает её особенно ценной для семейной генеалогии.