Фамилия Елеференко происходит от полной формы редкого крестильного имени Елевферий, что в переводе с греческого означает «свободный». В народе это имя часто видоизменялось до Алвера или Олуферия, но предки носителей фамилии Елеференко сохранили именно полный, книжный вариант. Выпадение согласного «в» (Елевферий → Елеферий) — естественный процесс для русского языка, где сочетание звуков упрощалось для удобства произношения.

Украинский суффикс -енко, буквально означающий «сын» или «потомок», указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где ценилось имя отца в его официальной, не уменьшительной форме. Это ключевая деталь: в крестьянской среде полным именем называли редко, чаще использовали производные прозвища. Использование полной формы Елевферий (а затем и фамилии Елеференко) говорит о том, что родоначальник, вероятно, принадлежал к социальной верхушке — казацкой старшине, духовенству или зажиточным мещанам, которых соседи уважительно величали по полному имени.

В православном именнике имя Елевферий появилось в честь святого великомученика, пострадавшего при императоре Домициане в конце I века. Таким образом, Елеференко — это типичная «патронимическая» фамилия, которая буквально означает «сын Елеферия» (изначально Елевферия). Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где модель на -енко была особенно распространена. Среди однокоренных фамилий — Елефериев, Елевфериев, а также редкие формы вроде Ельферов, но именно Елеференко сохранила архаичную основу, что делает её ценным свидетельством истории имени и сословных традиций.