Фамилию Елисюченко чаще всего выводят из крестильного имени Елисей. Это древнееврейское имя, означающее «Бог — спасение», пришло на Русь вместе с христианством. Однако в случае с этой фамилией интереснее не корень, а суффикс.

Модель образования здесь — украинская или белорусская. Суффикс -енко (в форме -ченко) типичен для восточнославянских фамилий, особенно для левобережной Украины: он указывал на сына или потомка человека. Основа Елисюк — это уже уменьшительная форма от Елисей, что-то вроде «Елисейка». Получается цепочка: Елисей → Елисюк (сын Елисея) → Елисюченко (сын Елисюка). Фамилия означает «потомок того, кого звали Елисюк».

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Сумской, Полтавской областям и к югу Беларуси. В России она встречается реже, чаще в южных регионах, куда шли переселенцы с Украины. Написание с «-ю-» в корне (Елисюченко, а не Елисеенко) — не ошибка, а диалектная или бытовая черта: в украинских говорах имя Елисей могло звучать как Олисей, откуда и форма Олисюк, а позже — Елисюченко.

Родственные фамилии — Елисеев, Елисенко, Елисюк, Елисеенко. Отличие Елисюченко от них — именно в двойном «уменьшении»: сначала имя превратили в Елисюк, а потом добавили патронимический суффикс. Это делает фамилию более «длинной» и конкретной: если Елисеев — просто «сын Елисея», то Елисюченко — «внук или правнук Елисея», что встречается реже. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как в дворянской среде такие «тройные» формы почти не использовались.